A szabadságharc katonai eseményeinek kezdete a Batthány-kormányhoz kötôdnek. Miután 1848. április 11-én szentesítik az úgynevezett "áprilisi törvényeket", a nemzetiségi területeken parasztmozgalmak indulnak meg, mert a jobbágyok 60%-a zsellér, akiknek nem juttatnak földet, ezért sok helyen földfoglaló mozgalmakra kerül sor, ezekkel is meg kell birkóznia a kormánynak.
1848 májusában fölállítják az elsô 10 honvédzászlóaljat, nemzetôrségnek álcázva. Júliusban az udvar kérést intéz a magyar országgyûléshez, melyben a magyarok hozzájárulásának mértéket akarja tisztázni az olasz forradalom leveréséhez. A pártok vitáját Kossuth július 11-i beszéde szakítja meg, amelyben 200000 újoncot és az ellátásukhoz szükséges 42 millió forintot kéri megszavazni. Ez meg is történik ("önök fölállottak; s én leborulok a nemzet nagysága elôtt!"), nyáron pedig megkezdôdik a szabadcsapatok toborzása mellett a Kossuth-bankó kibocsátása és az európai forradalmak leverése is. Ez utóbbi azt jelenti, hogy a Habsburgoknak lehetôségük nyílik a komolyabb beavatkozásra Magyarországon. (Windischgrätz és Radeczky felszámolják az olasz és a német mozgalmakat, Jellasics horvát felkelôihez pedig szerbek is kapcsolódnak.) Júliusban a kormány tárgyal Jellesiccsal, de neki nem elég a Batthány által felkínált autonómia, mert vissza kellene adniuk Fiúmét, és el kellene ismerni a magyar kormányt. Jellasics ezt elutasítja, ezért Batthány és Deák augusztusban Bécsbe mennek, hogy a Habsburgok fékezzék meg a horvátokat, de nem fogadják ôket. Augusztus 31-én királyi leirat érkezik az országgyûléshez, amelyben közlik, hogy a hadügy és a pénzügy továbbra is a birodalom hatáskörébe tartozik, valamint, hogy a horvát kérdést Magyarországnak kell fegyveres erôszak nélkül megoldania. A leirat hatására Kossuth az országgyûlés 100 tagját küldi Bécsbe, hogy az uralkodó engedékenységérôl meggyôzôdjenek, azonban szeptember 4-én - amikor a küldöttség elindul- az udvar ismét kinevezi Jellasicsot horvát bánná. Szeptember 9-én a küldöttség megérkezik Bécsbe, de sürgôsen hazajönnek Deákkal és Batthányval egyetemben. Szeptember 10-én a kormány -Szemere, Mészáros és Kossuth kivételével- lemond, mert tárgyalási politikája sikertelen, de szeptember 28-ig helyettes híján tovább intézi az ügyeket. Szeptember 11-én Jellasics Légrádnál átlépi a magyar határt, ezzel megkezdôdik a szabadságharc.
Szeptember 16-án megalakul az Országos Honvédelmi Bizottmány, melynek hattagú vezetôsége -beleértve Kossuthot is- teljhatalommal rendelkezik, de az irányítást csak október elején veszi át. Eközben Jellasics 35000 fônyi seregével szinte akadálytalanul halad a Dunántúlon Pest felé, az áruló ex-császári tisztek sorra visszavonulnak. Eszéktôl követi ôt a Roth és Philippovics által vezetett 8-10000 fônyi oldalvéd. Szeptember 28-án gróf Lamberg Ferencet a teljhatalmú katonai biztost Pesten a hajóhídon fölkoncolják. A magyar hadsereg új fôparancsnoka, Móga János parancsot kap az országgyûlési képviselôktôl, hogy Pákozd- Sukoró térségében támadja meg Jellasicsot. Ez szeptember 29-én következik be, ahol Móga kétszeres túlerôt gyôz le újoncaival. A vereség miatt Jellasics fegyverszünetet kér, amit arra használ ki, hogy lóhalálában elhagyja az országot, október 4-én pedig kinevezik Magyarország teljhatalmú biztosává (miután aznap V. Ferdinánd már föloszlatta az országgyûlést). Szeptember 30-án Görgei Artúr, a haditörvényszék elnöke kivégezteti gróf Zichy Ödönt hazaárulás vádjával, és ezen tettével nyeri meg Kossuth tetszését. Jellasics magára hagyta Rothot és Philippovicsot, akik oldalvédjének sorsa október 5-6-án teljesedik be; az ozorai csatában Görgeitôl szenvednek vereséget, és kényszerülnek a fegyverletételre. A magyar gyôzelmek hírére Bécsben október 6-án újabb felkelés tör ki, Latourt, a hadügyminisztert -aki elrendelte Magyarországnak a 9 iránybóli egyszeri megtámadását- a nép felkoncolja. Az udvar Olmützbe menekül, hogy onnan számolják föl a magyar segítséget váró bécsi forradalmat. Móga azonban megáll a magyar- osztrák határon, mert az országgyûlésen is vita alakul ki arról, hogy az önvédelmi harc kereteibe belefér-e Bécs megsegítése. Végül is háromhetes késlekedés után Móga átlépi a határt, de ekkorra Radeczky és Windischgrätz már fölszámolták a bécsi forradalmat. Október 30-án Schwechatnál az osztrákok gyôznek, de még nem tudják a magyarokat követni.
Novemberben fölénybe kerülnek a Schwarzenberg- pártiak a windischgrätziekkel szemben. Céljuk egy erôsen centralizált összbirodalom létrehozása, ennek érdekében december 2-án lemondatják V. Ferdinándot a trónról, Ferenc Károlyt a trónigényérôl, Zsófia pedig eléri, hogy Ferenc Józsefet koronázzák meg. Ferenc József nem szentesíti az alkotmányt, ezért a magyar liberális nemesség egy része nem ismeri el törvényes uralkodónak, ami csak az ellentéteket növeli. Az összbirodalmi centralizáció megvalósításához természetesen vissza kell terelni Magyarországot a "helyes mederbe", ennek érdekében Magyarország ellen novemberben minden irányból támadás indul. A legnagyobb erôkkel Schlick Északkelet- Felvidéken, illetve Galíciában; Puchner Dél-Erdélyben; Urban Észak- Erdélyben és Bukovinában rendelkezik, az osztrák fôerô (44000 fô) Windischgrätz vezetésével csak december közepén érkezik.
Az OHB fokozatosan szembekerül a parasztokkal is, mert a radikálisabbak meg akarják szerezni a hazaárulók földjeit, de az OHB ragaszkodik azon kijelentéséhez, hogy földosztás csak a szabadságharc után lesz, valamint a nemzetiségi mozgalmak Béccsel szövetkeznek, mert ott nekik fût-fát ígérnek.
A schwechati csatavesztés után Kossuth Görgeit teszi meg fôparancsnoknak, akinek a 20000 fôs fel-dunai hadseregével kellene Windischgrätzet a Kisalföldön föltartóztatnia Buda védelmében. Görgei azonban ehhez alkalmatlannak ítéli seregét, és visszavonul téli pihenôre a bányavárosokhoz. Eközben Puchner Háromszék kivételével elfoglalja Erdélyt, Schlick pedig Kassát, és Miskolc felé tart. Percel Mór Mórnál csatát vállal Windischgrätz-cel, de a túlerô gyôz, nyitva áll elôtte az út Budáig. Erre az országgyûlésen ismét vita alakul ki, hogy mi költözzön át Debrecenbe, és mi ne. Windischgrätz jelentôs gyôzelme után már csak a feltétlen megadásról hajlandó tárgyalni, amit azonban még a "békülékenyek" sem akarnak, december 31-én megkezdôdik az országgyûlés és a hivatalok átköltöztetése Debrecenbe, de itt marad egy küldöttség, amelynek Windischgrätz- cel kellene tárgyalnia. A költözés jelenti a belsô egység bomlásának kezdetét, mert jó néhány képviselô csak késve érkezik Debrecenbe, vagy pedig egyáltalán nem utazik oda. A nemesség egy része pedig a püspöki karral egyetemben a Habsburg udvarral keres kapcsolatokat.
December közepén megkezdôdik Erdély fölszabadítása Bem József által, aki sikeres hadmûveleteivel kiveri az ellenséget Észak-Erdélybôl, december 25-én pedig Kolozsvárt menti föl.
1849. január 4-én Windischgrätz bevonul Pestre, Batthányt (a küldöttség vezetôjét) pedig lecsukatja. Január 5- én Görgei kiadja a váci nyilatkozatot, amelyben megtagadja Kossuth azon parancsát, hogy mentse föl Lipótvárat és Komáromot; és inkább a felvidéki bányavárosokba megy téli pihenôre, hogy hadseregét szervezhesse (de onnan kiszorul a hodrusbányai és a szélaknai vereségek miatt). Január 13-án Bem bevonul Marosvásárhelyre, mire Székelyföldön egy népfölkelés bontakozik ki. Puchner január 17-én Gálfalvánál megtámadja Bemet, de vereséget szenved. Bem nem várja meg a népfölkelôket, hanem február 4-én Nagyszeben ellen vonul, de Puchner Piskiig szorítja vissza, ahol azonban február 9- én Bem kerekedik fölül. Ezután Medgyesre kell vonulnia, mert Urban ismét betört Erdélybe, Brassót pedig oroszok szállták meg. Bem kétfelé osztja seregét. Az egyik fele Urban ellen vonul, akit sikerül is kiszorítaniuk Bukovinába, az újra egyesült sereget azonban Puchner Medgyesnél megveri, akik ezért kénytelenek Segesvárra visszavonulni. Itt Puchner be akarja ôket keríteni, de március 10-én Bem áttöri a gyûrût, és erõltetett menetben március 11-re Nagyszeben alá érkezik. Az itt állomásozó orosz csapatok megsemmisülnek az ágyútûzben, és a várost is sikerül még aznap bevenni. Március 19-én az ellenséges erôk Feketehalomnál még egy csatát vállalnak, majd ennek elvesztése után Brassót harc nélkül föladják, és március 21-én kivonulnak Erdélybôl, Erdély fölszabadul. Ez igen fontos tény, mert Nagyvárad a hadiipar egyik központja, valamint a Tiszántúlt nem lehet kétoldalról támadni.
Évvel párhuzamosan, február 5-én Guyon Richárd áttöri a Branyiszkói- hágót védô osztrák vonalakat, így Görgei elôtt szabaddá válik az út a Tisza felé, február közepére meg is érkezik a Felsô-Tisza vidékére, a magyar hadmûveleti bázis területére, Klapka pedig Tokajnál megállítja Schlicket. Az OHB parancsának értelmében Klapka haditervet dolgoz ki Windischgrätznek a Kápolna környékén történô bekerítésére, hogy ne tudjon Schlick-kel egyesülni, az elterelés érdekében pedig Perczelnek a Szolnoknál és a Kecskemétnél állomásozó csapatokkal meg kell támadnia Jellasicsot, és el kell hitetni az osztrákokkal, hogy ez a fôerô. Perczel bár jól támad, az osztrákok mégis megtudják, hogy nem ô a fôerô, ezért Windischgrätz és Schlick erõltetett menetben megindulnak egymás felé, hogy mihamarabb egyesülhessenek. A magyar haderôk fôparancsnoka, Dembinski Henrik (Görgeit a váci nyilatkozat miatt leváltották) február 26-27-én ellentámadást indít Kápolnánál, de a rossz manôverezések miatt nem sikerült a terv, Dembinski pedig -a magyar fôtisztek tiltakozása ellenére- jobbnak látja Tiszafüredre visszavonulni. Görgei az elégedetlen tisztek élére áll, ezért Kossuth odautazik, hogy Görgeit most már haditörvényszék elé állítsa, de ott azt tapasztalja, hogy a többi tiszt is alkalmatlannak véli Dembinskit, így Kossuth Vetter Antalt teszi meg fôparancsnokká, de néhány sikertelen csata után Vette március 28-án betegségére hivatkozva lemond, Kossuth pedig újra kinevezi Görgeit a hadsereg fôparancsnokának.
A kápolnai csatát -bár nem volt gyôzelem az osztrákok számára, hiszen a magyarok visszavonultak- Windischgrätz úgy jelenti az udvarnak, mintha fényes gyôzelmet aratott volna. Ezen fölbátorodva március 4- én Schwarzenberg feloszlatja a birodalmi parlamentet, és új alkotmányt hirdet ki a császári teljhatalomra hivatkozva, ez az olmützi alkotmány. Ebben fölfüggesztik Magyarország 1848-as alkotmányát, és kimondják, hogy hazánk koronatartományként kezelendô. Ez azonban nem hátráltatja a magyar hadvezéreket, hogy Klapkával elkészíttessék a tavaszi hadjárat haditervét, amelynek alapján március végétôl megkezdôdik Magyarország fölszabadítása.
A tavaszi hadjárat megint Windischgrätz bekerítését és megsemmisítését tûzi ki célul. Ennek érdekében egy hadtest a pest- gyöngyösi úton kelti a fôerôk látszatát, amelyet megerôsít az ezen hadtest által elért hatvani gyôzelem április 2-án. Aulich Lajos, Damjanich János és Klapka György dél felôl akarják bekeríteni Windischgrätzet, ez azonban a tápióbicskei csatában április 4-én kiderül, és bár április 6-án Windischgrätz újabb vereséget szenved az isaszegi csatában, Gödöllônél sikerül kibújnia a gyûrûbôl. Az isaszegi vereség miatt Windischgrätzet leváltják, posztját Welden foglalja el, de ô sem jár sikerrel. Aulich ugyanis elhiteti Weldennel, hogy megint a fôerôvel áll szemben, miközben az Vácon (április 10), Léván és Nagysallón (április 19) keresztül Komárom fölmentésére indulnak (április 26). Sajnos közben Welden is rájön, hogy mi a helyzet, és elrendeli Buda kiürítését, április 23- án az elsô lovasjárôr belovagol Budára, a fôváros azonban csak május 21-én szabadul föl. A gyôzelmek hatására az ország még föl nem szabadított területein népfölkelések bontakoznak ki, amelyek a hadsereggel egyetemben fölszabadítják az ország nagy részét.
Április 14-én a debreceni nagytemplomban a katonai sikerekre alapozva felolvassák a Függetlenségi Nyilatkozatot, amely kinyilvánítja a Habsburg-ház trónfosztását és az elszakadást.