Görgei csapatai Pest elhagyása után Lipótvár felé indultak. Január közepén Északra a bányavárosokba vonultak. Így Windisch-Grätz nem mert kiindulni Pest-Budáról. Evvel két hetet nyert a honvédsereg a védelem megerősítésére. Január 22-23-án Perczel Pest határáig űzte Ottinger tábornok dandárát.
Február 5-én Görgey elővédje a branyiszkói hágó előtt állt. Végre eljött az ellentámadás ideje. Az új fővezér Dembinski csődöt mondott, elment a kínálkozó lehetőségek mellett,és szétforgácsolta a nehezen összekovácsolt főerőt A február 26-27-i kápolnai vesztes csatában a magyar sereg alig fele vett részt.
1849. április 6-án az isaszegi síkon kezdődött a dicsőséges tavaszi hadjárat. Ezt megelőzően március 25-én egy különítmény visszafoglalta Losoncot. Hatvannál április 2-án a félszemű Schlik generálist futtatta meg Gáspár András ezredes. Április 4-én Klappka csapatai Tápióbicskénél csaptak össze Jelacic utóvédjével. Klappka katonái megfutottak de az időben érkező Görgei helyreállította a rendet. Windisch-Grätz azt sem tudta hol áll a feje. Április 6-án Isaszegnél jelentős győzelmet aratott a magyar honvédsereg.
A támadás második felében Aulich Lajos vezetésével a főváros előtt megtévesztették az ellenséges fősereget. Tíz napig azt sem tudták, hol vannak a magyar főerők. Április 10-én bevették Vácot, itt az ellenséges haderők parancsnoka, Götz tábornok is elesett. Április 19-én Újabb fényes győzelem Nagysallónál. Welden táborszernagy kénytelen kiüríteni Pest-Budát, csak a várban hagy helyőrséget. Jelacic hadtestét leküldte a Délvidékre. Ő maga a nyugati határ felé vonult vissza. Komárom felmentésére indult a fősereg. A város január óta körül van zárva, és március óta ostromolják. A polgári lakosság rengeteget szenvedett, de a Tiszától nyugatra egyedül itt ünnepelték meg március 15-ét. "Lőni lőhetsz német, de be nem jöhetsz"- kiabálták az ünneplők. Április 26-án felszabadúlt a város. Majd a honvédség sok vita után visszafordult Buda felmentésére.
Május 4-én megadásra szólították fel a várat
védő tábornokot. Az elutasítás után Hentzi többször
indokolatlanul lövette Pestet, pedig Görgei onnan nem támadta
a várat. Május 21-én hajnalban kezdődötta döntő roham. A
harcban maga Hentzi is halálos sebet kapott. A vár
bevételével, mely mindössze 17 napig tartott 248 ágyú és
több ezer puska jutott a honvédek kezére.A győztes tavaszi hadjárat során elért sikerek hatására Kossuth elérkezettnek látta az időt a teljes önállóság kinyílvánítására. Április 14-én egy inkább nép-, mint országgyűlésre emlékeztető ülésen közfelkiáltással megtörtént a trónfosztás.
A császár már márciusban segítséget kért az orosz cártól, a magyar szabadságharc leverésére. Mindössze pár tízezer katonáról lett volna szó, de I. Miklós 200.000 katonát küldött a honvédek ellen. Az osztrák haderőből 170.000 fő harcolt mintegy kb. 170.000 fős honvédsereggel. Görgei úgy vélte, június végén, ha leszámol az osztrák főerővel, utánna sikeresenveheti fel a harcot az intervencióval. A főerőket Komáromnál akarta összevonni, de egy távollétében hozott intézkedés a Tisza-Maros szögben vonta össze a csapatokat, így biztosítva a vezetők esetleges menekülését Törökország felé. Júliusban még ki tudott térni Haynau elől, és Szeged felé vonúlt vissza. Erőivel saját haderejének négyszeresét tartotta lekötve. Bem pedig Erdélyből akadályozta az orosz csapatok kijutását az Alföldre.
Július végére gyűltek össze a főerők a Tisza-Maros szögében. A Görgei megérkezéséig fővezérkedő Dembinski nem vette fel a harcot a kisebb létszámú Haynau seregével. Feladta Szegedet, és visszavonúlt Temesvár irányába. Augusztus 9-én az ide érkező Bem vette fel a harcot Haynauval. A szabadságharc legnagyobb tüzérségi párbajában az osztrákok győztek. Görgei és a kormány is próbált kapcsolatot teremteni az orosz hadvezetéssel. Szóba került, hogy felajánlják a koronát a cári család egyik tagjának. A temesvári vereség után nem maradt más lehetőség a további felesleges áldozatok elkerülésére, mint a fegyverletétel. Augusztus 13-án Rüdiger orosz tábornok előtt Görgei letette a fegyvert.
Az orosz hadsereg mintegy 13.500, a császári sereg 10.173 főt vesztett. A magyar fél veszteségéről az adatok 24-54 fő körűl ingadoznak. A magyar polgári lakosság veszteségét 10.000 főre becsülik. A nemzetiségi lakosság veszteségéről nincsenek pontos adatok.
Szeptemberben Pétervárad, október elején utolsónak Komárom erődje adta meg magát. Ezeken a helyeken a védők szabad elvonulást és büntetlenséget kaptak.
"Nyugodt lelkiismerettel lövetek agyon százkat is , mert szilárd meggyőződésem, hogy ez az egyetlen mód intő példát szolgáltatni minden jövendő forradalomnak." - írta Haynau táborszernagy. Csaknem egy évig Haynau volt az úr élet és halál fölött Magyarországon. Nem véletlenül érdemelte ki a "bresciai hiéna" elnevezést. Ítéletei elsősorban az egész nép megfélemlítését szolgálták. Augusztusban 38, szeptemberben 2, októberben 29 személy kivégzéséről tudunk. A honvédsereg 25-30 százalékát besorozták a cs. kir. hadseregbe. A nemztközi nyomás hatására 1850 tavaszától a halálos ítéletek többségét várfogságra változtatták. 1851-ben még a távollévőket is elítélték. Kossuth, Szemere és mások nevét az akasztófára szegeszték.
1849. október 6. Az aradi vár sáncárkában 13 hős honvédtábornokot végeztek ki.
Kis Ernő, Dessewffy Arisztid, Schweidel József, Lázár Vilmos, Poeltenberg Ernő, gróf Leiningen-Westerburg Károly, Láhner György, Damjanich János, Knézich Károly, Török Ignác, Nagysándor József, gróf Vécsey Károly, Aulich Lajos.
Ez a névsor jól jellemzi a magyar szabadságharc nemzetköziségét.
Ugyanezen a napon végezték ki az első magyar miniszterelnököt, gróf Batthyány Lajost valamint más, a szabadságért harcoló honvédeket.
A szabadságharc elbukásával szinte egyidőben kezdődött a passzív ellenállás, mely 1867-ben a kiegyezésig vezetett. Amikor végre megkezdődhetett Magyarország polgári fejlődése.